docs(ja): move table of contents to top and fix duplicate period typo

README_JA.md

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+## 目次
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+- [詳細分析レポート (`docs/`)](#詳細分析レポート-docs) — テレメトリ、コードネーム、アンダーカバーモード、リモート制御、今後のロードマップ
+- [ディレクトリ参照](#ディレクトリ参照) — コード構造ツリー
+- [アーキテクチャ概要](#アーキテクチャ概要) — エントリポイント → クエリエンジン → ツール/サービス/状態
+- [ツールシステムと権限アーキテクチャ](#ツールシステムと権限アーキテクチャ) — 40+ ツール、権限フロー、サブエージェント
+- [12の段階的ハーネスメカニズム](#12の段階的ハーネスメカニズム-the-12-progressive-harness-mechanisms) — Claude Code がエージェントループにプロダクション機能を実装する方法
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 ## ツールシステムと権限アーキテクチャ
 
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-## 目次
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-- [詳細分析レポート (`docs/`)](#詳細分析レポート-docs) — テレメトリ、コードネーム、アンダーカバーモード、リモート制御、今後のロードマップ
-- [ディレクトリ参照](#ディレクトリ参照) — コード構造ツリー
-- [アーキテクチャ概要](#アーキテクチャ概要) — エントリポイント → クエリエンジン → ツール/サービス/状態
-- [ツールシステムと権限アーキテクチャ](#ツールシステムと権限アーキテクチャ) — 40+ ツール、権限フロー、サブエージェント
-- [12の段階的ハーネスメカニズム](#12の段階的ハーネスメカニズム-the-12-progressive-harness-mechanisms) — Claude Code がエージェントループにプロダクション機能を実装する方法
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 ## 詳細分析レポート (`docs/`)
 
 インターネット上で公開されている資料やコミュニティの議論をもとに整理した Claude Code v2.1.88 分析レポート。英語/中国語/韓国語/日本語の4言語で提供。
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 ## ライセンス
 
-本リポジトリのコンテンツは技術研究および教育目的でのみ提供されます。知的財産権は元の会社に帰属します。権利侵害がある場合は、削除のためご連絡ください。。
+本リポジトリのコンテンツは技術研究および教育目的でのみ提供されます。知的財産権は元の会社に帰属します。権利侵害がある場合は、削除のためご連絡ください。