api - хранит всё, связанное с использованием API методоd
api.core - хранит классы с методами обращения к API без какой-то логики, а так же названиями эндпоинтов, хэдеров и другой вспомогательной информации.
api.methods (и api.methods.user в частности) - предназначена для хранения классов с методами, имеющих какую-то определённую логику и разбитые по категориям. Например, класс ApiUserMethods содержит всё, что относится к действиям с пользователем.
builders - хранит классы, реализующие паттер билдер.
configs - хранит классы, работающие с окружением и любыми другими конфигами, которые могут быть необходимы для проекта.
helpers - хранит вспомогательные классы для генерации данных, обработки ответов, работы с датами и т.д. и т.п.
P.S. Данная структура папок - пример небольшого проекта. Средние и крупные проекты имеют значительно большее кол-во различных сущностей. А это значит, что и структура с высокой вероятностью будет меняться вслед за ростом проекта.
Папка resources хранит в себе файл env.properties, предназначенный для описания конфигурации окружения. Этот файл содержит одно поле ENVIRONMENT. Класс EnvProperties считывает этот файл. EnvironmentConfig вытаскивает значения считанных с помощью EnvProperties полей.
Например, если установить ENVIRONMENT=prod, то EnvironmentConfig.getBaseUrl() вернёт https://playground.learnqa.ru/api/, а если ENVIRONMENT=dev, то https://playground.learnqa.ru/api_dev/. Параметры в env.properties можно добавлять какие угодно, в зависимости от требований.