docs(manual): update for eq + tot + MCP additions

[k-yoshimi]

Summary

2026-04-18 初版マニュアル (#73) の改訂. 完了モジュールが 5 個 (tr/ti/wr/wrx/fp) から 7 個 (+eq/tot) に拡大したのに合わせ, 新章 2 つを追加し既存章を最新化しました.

New chapters

• 第 8 章 eq モジュール — 6 関数 C ABI (`eq_set_param_str` を含む), EQDSK 読込 hello-world, `PSIB` 0-origin / `run()` mode=1 デフォルトの FAQ, ~60 件のパラメータ表, `EqState` フィールド, F90 modernization (Phase F-1..F-5) への言及, 変更履歴 (PR feat(eq): Phase L-0 regression-test infrastructure #54 / feat(eq): Phase L-1 Makefile graphics split (SRCS_CORE/SRCS_GRAPHICS/SRCS_MENU) #65 / feat(eq): Phase L-2 C ABI foundation #70 / feat(eq): Phase L-3 parameter registry + real C ABI wiring #78 / feat(eq): Phase L-4 libeqapi.so shared library build #80 / feat(eq): Phase L-5 Python wrapper (python/eqlib/) #86 / feat(eq): Phase L-6 4-layer tests #92 / docs(eq): Phase L-7 library documentation #89 + F PR feat(eq): Phase F-1 COMMON -> MODULE migration (with shim) #71 / feat(eq): Phase F-2 LOW tier F90 modernization #79 / feat(eq): Phase F-3 MED tier F90 modernization (9 files) #81 / feat(eq): Phase F-4 HIGH tier F90 modernization (8 files) #87 / feat(eq): Phase F-5 shim removal (final F90 integration) #93)
• 第 9 章 tot モジュール (オーケストレータ) — 概要, ビルド, hello-world, 名前空間プレフィックス (`eq:RR`, `tr:DT`, ...) ディスパッチ表, `wr:` → `wrx:` 別名, dict 形式の `set_params`, `set_param_str` (tr/eq のみ), 既知制約 (init/run/get_state/finalize は L-3/L-4/L-5 でスタブ, L-6 で fan-out 完成), 変更履歴 (PR feat(fp): Phase L-4 libfpapi.so shared library build #43 / feat(tot): Phase L-3 param registry + namespaced dispatch #82 / feat(tot): Phase L-4 libtotapi.so composite shared library #85 / feat(tot): Phase L-5 Python wrapper (python/totlib/) #91 / docs(tot): Phase L-7 library documentation #94)

Updated existing sections

• 作業状況章: モジュール完了マトリクスを 7 行化 (tr/ti/wr/wrx/fp/eq/tot), eq F90 modernization (F-1..F-5) 完了マトリクス追加, MCP サーバ群 (tr/ti/wr/wrx/fp + tot 進行中 = 6 個) 追加
• 残作業: trlib のみ実装の plot/TOML runner 横展開 (deferred), チュートリアル Notebook 集 (deferred) を追記
• 付録 PR 一覧: 2026-04-18 → 2026-04-19, feat(tot): Phase L-6 4-layer tests #96 までを反映 (eq/tot/MCP すべて追記)
• 付録最小例カタログ: eq / tot の最短コードを追加 (5 → 7 件)
• タイトル / abstract / 編集後記: 5 → 7 モジュール, 2026-04-19 改訂明記

Page count delta

• 旧版 PDF: 約 50 ページ (2026-04-18 初版)
• 新版 PDF: 55 ページ (xelatex 2 回 pass で安定)
• 増分: ~5 ページ (eq + tot 章は約 13 ページ追加, 状況/付録の更新で全体的に再フロー)

注: スペックは 60-100 ページを想定していましたが, eq/tot 章を簡潔に書いたため 55 ページに収まりました. 既存 5 章の構造に合わせた密度です. 必要なら次回改訂で hello-world をより冗長にし, F90 modernization 専用章を切り出す等で 60+ に拡張できます.

Verification

• `xelatex -interaction=nonstopmode task-library-manual.tex` を 2 回 (実際は 3 回) 実行し exit 0
• `grep -n "FIXME\|<<<<<<" docs/manual/task-library-manual.tex` → 0 hits
• 既存 5 モジュール章 (tr/ti/wr/wrx/fp) は全文保持
• ch:eq / ch:tot のクロスリファレンスは 2 nd pass で解決済み

Test plan

• PDF を開いて目次に第 8 章 (eq) と第 9 章 (tot) が出ているか
• eq 章の PSIB 0-origin と `set_param_str` の説明が正しいか
• tot 章の namespace prefix 表に `wr:` 別名注記が入っているか
• 完了マトリクスの 7 行が正しく出力されるか
• 付録の PR 一覧で `feat(tot): Phase L-6 4-layer tests #96` までを参照できるか

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Note

Low Risk
Documentation-only change, but it adds substantial new guidance around eq/tot APIs and status tables; risk is limited to potential inaccuracies/misalignment with the actual implementations.

Overview
Updates the Japanese TASK library manual to reflect expansion from 5 → 7 modules by adding new chapters for eq (MHD equilibrium) and tot (orchestrator), including build steps, minimal Python examples, parameter/ABI notes (e.g., eq_set_param_str, PSIB indexing), and test pointers.

Reworks existing overview/status content to match the new scope: updates title/abstract/date, table-of-contents structure, completion matrix, remaining-work items (notably tot fan-out still stubbed), MCP server coverage, Makefile targets, PR index, and the “minimal example catalog” to include eq/tot.

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[k-yoshimi]

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