docs: align MCP tool descriptions with code

[eunaverse]

요약

• MCP tool 설명/주석을 실제 코드 계약과 맞도록 정리했습니다.
• search_context, search_documents, fetch_context, sync_all, answer_with_citations의 과장된 문구를 현재 fallback/debug/aggregate semantics에 맞게 좁혔습니다.
• 최신 origin/main 위로 두 차례 refresh한 뒤 scoped wording만 다시 얹고, 전체 retained MCP tool audit trace를 plan에 남겼습니다.

주요 변경

• README.md
  • answer_with_citations helper surface 설명 정리
  • search_documents를 evidence surface가 아니라 document discovery surface로 정리
  • fetch_context는 document_id/chunk_id 중 하나 이상 필요하다는 계약 반영
• .agents/docs/architecture.md
  • search_context debug fallback 계약 정리
  • sync_all()의 skipped semantics를 disabled-source case로 한정
  • answer_with_citations debug 보장 범위 정리
• api/tools.py
  • answer_with_citations wrapper docstring을 실제 fallback/configured path와 맞춤
• docs/plan/2026-06-15-search-tool-doc-alignment.md
  • 8개 retained MCP tool audit trace
  • latest-main refresh 기록
  • verification/review loop 기록

검증

• python -m compileall api core environments fetching indexing search storage main.py
• python -m pytest -q tests/contracts/test_public_mcp_contracts.py
• ./scripts/verify_functional_e2e.sh
• git diff --check
• git diff --cached --check

리뷰 메모

• 최종 fresh 5-reviewer pass에서 actionable finding 없었습니다.
• 관련 이슈 없음