BIOP02-53 Critic 교차리뷰 (kkkim→sjpark): CLAM MIL — caution

[kakyungkim]

Critic 교차리뷰 — BIOP02-53 Attention MIL (owner: sjpark, reviewer: kkkim)

CLAM-SB attention MIL (UNI, ER/PR/HER2, TCGA→CPTAC) 실학습 결과에 대한 7-point 교차리뷰. verdict: caution (모델링 cross-review까지; 최종 pass는 braveji 총괄).

7-point

#	항목	판정	근거
1	Data leakage	PASS	TSS 37사이트 train/val/test 중복 0 (site-disjoint 실검증); val↔CPTAC gap 미미
2	Baseline	PASS	ER 0.901 > random 0.526 · mean_embed 0.816. subtype_only(0.918)=PAM50 입력 ceiling → floor 아님
3	Counterfactual	N/A	Paper B 단계
4	Cross-dataset	CAUTION	ER 0.894 / PR 0.778 외부 유지; HER2 외부 near-random(ext_auc 0.53) = 실제 실패
5	Bio plausibility	N/A(defer)	owner 자기리뷰 불가 → braveji 지정 non-owner
6	DRP framing	PASS	금지표현 0
7	Claim-level	PASS	hypothesis_only

필수 후속

1. jamie 공식 CPTAC 라벨로 교체(현재 kkkim 임시본 395/653, self-reference) 후 외부평가 재실행
2. braveji: 최종 critic_status + docs: Claude Code Atlassian MCP를 OAuth 방식으로 수정 (깨진 npx 패키지 대체) #5 bio sub-reviewer 지정
3. sjpark: PAM50 attention-MIL 추가 (현재 MLP만 → scope 미완)
4. HER2 외부 near-random 명시, '검증됨' 표현 금지

산출

• experiments/kkkim/20260703_critic_biop02-53/critic_report.json (schema v0.1 valid)
• REVIEW.md

🤖 Generated with Claude Code

[kakyungkim]

@braveji18 최종 sign-off 요청드립니다 🙏

이 PR은 BIOP02-53 Critic 교차리뷰(reviewer=kkkim → owner=sjpark, CLAM-SB attention MIL) 산출물입니다. 규정상 최종 critic_status 총괄은 braveji 몫이라 셀프 머지하지 않고 리뷰 요청드립니다 (Owner≠Reviewer).

verdict = caution — 7-point 요약:

• ① Data leakage PASS — TSS 37사이트 train/val/test 중복 0 (site-disjoint 실검증)
• ② Baseline PASS — ER 0.901 > random 0.526 · mean_embed 0.816. subtype_only(0.918)은 PAM50를 입력으로 쓰는 ceiling이라 floor 아님 → 미초과는 limitation, FAIL 아님
• ③ Counterfactual N/A
• ④ Cross-dataset CAUTION — ER 0.894 / PR 0.778 외부 유지되나, HER2 외부 near-random (ext_auc 0.53 / auprc 0.12) = 실제 실패
• ⑤ Bio plausibility N/A → braveji sub-reviewer 지정 필요
• ⑥ DRP framing PASS, ⑦ Claim-level PASS (hypothesis_only)

주의: CPTAC 라벨은 kkkim 임시본(공개 cBioPortal 395/653)이라, self-reference 회피 위해 #done 전환 안 했습니다. jamie 공식 라벨(BIOP02-88 블록) 도착 시 외부평가 재실행 필요.

산출물: experiments/kkkim/20260703_critic_biop02-53/critic_report.json (schema v0.1 valid) + REVIEW.md. 승인되면 머지 → BIOP02-53 #done 전환 가능합니다.