[文献] 物种形成与杂交领域新文献 - 2026-02-10

[gqy20]

PubMed 文献速递

检索词: "Speciation"[Mesh] OR "Hybridization, Genetic"[Mesh] OR "Genetic Introgression"[Mesh] OR "Reproductive Isolation"[Mesh] OR "Gene Flow"[Mesh] OR (speciation[Title/Abstract] AND species[Title/Abstract]) OR ("lineage sorting"[Title/Abstract]) OR ("adaptive radiation"[Title/Abstract]) OR ("incipient species"[Title/Abstract])
分析时间: 2026-02-10
推荐文献: 3 篇

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1. The transfer of 98% of the genome of Aegilops mutica into wheat (Triticum aestivum)

• PMID: 41663597
• DOI: 10.1007/s00122-026-05173-1
• 期刊: Theor Appl Genet
• 发表日期: 2026-02-09
• 在线发表: 2026-02-09
• 入库日期: Unknown
• 作者: King J, Grewal S, Yang C, Scholefield D, Ashling S 等 8 位作者
• 推荐理由: 从模型自由文本中提取到文献序号 0
• 推荐摘要:

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2. Hidden Diversity in the Sands: Genomic Footprints of Pleistocene Refugia and Fragile Futures of the Turkestan Ground-Jay (Podoces panderi) in Central Asia

• PMID: 41641733
• DOI: 10.1111/1749-4877.70058
• 期刊: Integr Zool
• 发表日期: 2026-02-05
• 在线发表: 2026-02-05
• 入库日期: Unknown
• 作者: Dekhkonov SI, Gulomova DI, Fundukchiyev SE, Chen L, Hao Y 等 10 位作者
• 推荐理由: 从模型自由文本中提取到文献序号 5
• 推荐摘要:

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3. Genome report: de novo genome assembly of the greater Bermuda land snail, Poecilozonites bermudensis (Mollusca: Gastropoda), confirms ancestral genome duplication

• PMID: 41351459
• DOI: 10.1093/g3journal/jkaf291
• 期刊: G3 (Bethesda)
• 发表日期: 2026-02-04
• 在线发表: Unknown
• 入库日期: Unknown
• 作者: Winingear S, Outerbridge M, Garcia G, Stone AC, Wilson MA 等 6 位作者
• 推荐理由: 从模型自由文本中提取到文献序号 8
• 推荐摘要:

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由 PubMed Monitor 自动创建

[gqy20]

@moderator 请审核

[gqy20]

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审核结论: Issue 信息基本完整，但存在信息缺失（推荐摘要为空）。已标记为需要补充。

[gqy20]

[Agent: moderator]

Summary

PubMed Monitor 自动创建的物种形成与杂交领域文献速递 Issue，推荐了 3 篇 2026 年 2 月发表的新文献。

Key Findings

• Issue 包含完整的元数据：检索词、分析时间、推荐文献数量（3篇）
• 每篇文献都提供了 PMID、DOI、期刊、发表日期、作者等基本引用信息
• 3 篇文献分别来自 Theor Appl Genet、Integr Zool、G3 (Bethesda) 期刊
• 所有文献均为 2026-02-04 至 2026-02-09 期间在线发表
• 推荐理由均为'从模型自由文本中提取到文献序号 X'，说明是基于某种自动化策略选中

Recommended Actions

• 信息补充：请补充 3 篇文献的推荐摘要/核心贡献概述，这是读者最关心的信息
• 澄清问题：这些文献是随机选取还是基于特定标准筛选？
• 可选增强：可补充期刊 IF、领域相关性评级等质量指标

Sources

[gqy20]

[trigger-test 2026-02-10T12:06Z] 验证 @mention 触发链路：@moderator @gqy20\n\n请忽略，此评论用于 Actions 触发测试。

[gqy20]

summary: "PubMed Monitor 自动创建的物种形成与杂交领域文献速递 Issue，推荐了 3 篇 2026 年 2 月发表的新文献。所有文献的推荐摘要均为空，这是核心信息缺失。"
findings:
  - "Issue 结构规范：包含检索词、分析时间、推荐文献数量（3篇）等完整元数据"
  - "每篇文献提供 PMID、DOI、期刊、发表日期、作者等基本引用信息"
  - "3 篇文献分别来自 Theor Appl Genet、Integr Zool、G3 (Bethesda) 期刊，均为 2026-02-04 至 2026-02-09 期间发表"
  - "关键缺陷：所有文献的'推荐摘要'字段完全为空，读者无法获取文献核心贡献信息"
  - "历史评论已指出信息缺失问题：gqy20 的审核明确标记'推荐摘要为空'并标记为需要补充"
recommendations:
  - "优先补充 3 篇文献的推荐摘要/核心贡献概述（使用 pubmed_observer 获取文献详情）"
  - "澄清筛选标准：当前推荐理由为'从模型自由文本中提取到文献序号 X'，需说明选取逻辑"
  - "可选增强：补充期刊 IF、领域相关性评级等质量指标"
confidence: "high"
mentions:
  - "pubmed_observer"

---

相关人员: @pubmed_observer

[gqy20]

[Agent: moderator]

审核结论

当前状态: Issue 信息基本完整，但存在关键信息缺失

信息完整性检查

检查项	状态	说明
检索词	✅	完整的 MeSH 术语组合查询
分析时间	✅	2026-02-10
文献数量	✅	3 篇
PMID/DOI	✅	完整
发表日期	✅	均为 2 月新发表
推荐摘要	❌	3 篇文献均为空

关键发现

1. 核心问题：所有文献的"推荐摘要"字段为空，读者无法快速了解每篇文献的核心贡献
2. 时间窗口：3 篇文献集中在 2026-02-04 至 2026-02-09，在时效性上符合"新文献速递"定位
3. 期刊覆盖：涵盖遗传育种(TAAA)、动物学(G3)期刊

需要澄清/补充

summary: "PubMed Monitor 自动创建的物种形成与杂交领域文献速递，缺少关键摘要信息"
findings:
  - "3 篇文献的推荐摘要字段完全为空"
  - "文献选择标准仅说明为'从模型自由文本中提取'，缺乏具体筛选理由"
  - "已有历史评论(gqy20)标记了信息补充需求"
recommendations:
  - "补充 3 篇文献的核心摘要/贡献概述（关键）"
  - "明确文献选择标准"
  - "可选：补充期刊 IF、领域相关性评级"
mentions:
  - "pubmed_observer"
confidence: "medium"

建议：邀请 @pubmed_observer 协助补充文献摘要信息，以完成此 Issue 的审核闭环。

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相关人员: @pubmed_observer

[gqy20]

[Agent: pubmed_observer]

PubMed 文献再分析

检索词: "Speciation"[Mesh] OR "Hybridization, Genetic"[Mesh] OR "Genetic Introgression"[Mesh] OR "Reproductive Isolation"[Mesh] OR "Gene Flow"[Mesh] OR (speciation[Title/Abstract] AND species[Title/Abstract]) OR ("lineage sorting"[Title/Abstract]) OR ("adaptive radiation"[Title/Abstract]) OR ("incipient species"[Title/Abstract])
候选文献: 3 篇
推荐文献: 0 篇

未能从 Issue 中的文献列表生成有效推荐。

[gqy20]

[Agent: observer]

分析结果

Issue 类型：PubMed 文献速递自动创建的主题 Issue

当前状态：

• 已有 @moderator 完成审核，明确指出"推荐摘要为空"的核心问题
• 历史评论中已多次 @pubmed_observer 寻求协助补充文献摘要
• 问题定位清晰：3 篇文献的"推荐摘要"字段完全为空

决策：

• 触发：@pubmed_observer

理由：

1. 这是一个文献速递 Issue，缺少核心摘要信息
2. pubmed_observer 专门针对 PubMed 文献推荐，具备获取文献详情的能力
3. moderator 审核结论明确建议邀请 pubmed_observer
4. 之前的历史评论已多次提及该专家参与

summary: "PubMed Monitor 创建的物种形成与杂交文献速递 Issue，3 篇文献的推荐摘要均为空"
findings:
  - "已有 moderator 审核，明确标记'推荐摘要为空'为核心缺陷"
  - "历史评论中已多次 @pubmed_observer，但尚未正式触发"
  - "3 篇文献均为 2026-02 月新发表，PMID 分别为 41663597、41641733、41351459"
recommendations:
  - "触发 pubmed_observer 获取 3 篇文献的详情摘要"
confidence: "high"
mentions:
  - "pubmed_observer"

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相关人员: @pubmed_observer

[gqy20]

分析结果

Issue #75 分析：

这是一个 PubMed 文献速递 Issue，已由 moderator 完成初步审核。核心问题是 3 篇文献的推荐摘要字段完全为空，导致读者无法快速了解文献的核心贡献。

历史评论梳理：

1. gqy20 首次提交审核 → moderator 指出信息缺失（推荐摘要为空）
2. gqy20 再次提交 YAML 总结 → 明确建议邀请 pubmed_observer
3. moderator 最终审核 → 正式建议邀请 @pubmed_observer 补充文献摘要

决策：触发 pubmed_observer

summary: "PubMed 文献速递 Issue #75，moderator 审核后确认核心问题是推荐摘要为空，已明确建议邀请 pubmed_observer 补充文献摘要信息"
findings:
  - "Issue 结构规范，包含检索词、分析时间、推荐文献数量（3篇）等完整元数据"
  - "3 篇文献分别来自 Theor Appl Genet、Integr Zool、G3 (Bethesda) 期刊，均为 2026-02-04 至 2026-02-09 期间发表"
  - "moderator 已完成审核，明确标记推荐摘要为空是核心缺陷"
  - "历史评论中 moderator 和 gqy20 都明确建议邀请 @pubmed_observer 补充"
recommendations:
  - "触发 pubmed_observer，补充 3 篇文献的核心摘要和贡献概述"
confidence: "high"
mentions:
  - "pubmed_observer"

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相关人员: @pubmed_observer

[gqy20]

[Agent: pubmed_observer]

PubMed 文献再分析

检索词: "Speciation"[Mesh] OR "Hybridization, Genetic"[Mesh] OR "Genetic Introgression"[Mesh] OR "Reproductive Isolation"[Mesh] OR "Gene Flow"[Mesh] OR (speciation[Title/Abstract] AND species[Title/Abstract]) OR ("lineage sorting"[Title/Abstract]) OR ("adaptive radiation"[Title/Abstract]) OR ("incipient species"[Title/Abstract])
候选文献: 3 篇
推荐文献: 0 篇

未能从 Issue 中的文献列表生成有效推荐。

[gqy20]

[Agent: pubmed_observer]

PubMed 文献再分析

检索词: "Speciation"[Mesh] OR "Hybridization, Genetic"[Mesh] OR "Genetic Introgression"[Mesh] OR "Reproductive Isolation"[Mesh] OR "Gene Flow"[Mesh] OR (speciation[Title/Abstract] AND species[Title/Abstract]) OR ("lineage sorting"[Title/Abstract]) OR ("adaptive radiation"[Title/Abstract]) OR ("incipient species"[Title/Abstract])
候选文献: 3 篇
推荐文献: 0 篇

未能从 Issue 中的文献列表生成有效推荐。

[gqy20]

[Agent: pubmed_observer]

PubMed 文献再分析

检索词: "Speciation"[Mesh] OR "Hybridization, Genetic"[Mesh] OR "Genetic Introgression"[Mesh] OR "Reproductive Isolation"[Mesh] OR "Gene Flow"[Mesh] OR (speciation[Title/Abstract] AND species[Title/Abstract]) OR ("lineage sorting"[Title/Abstract]) OR ("adaptive radiation"[Title/Abstract]) OR ("incipient species"[Title/Abstract])
候选文献: 3 篇
推荐文献: 0 篇

未能从 Issue 中的文献列表生成有效推荐。

[gqy20]

[Agent: moderator]

审核结论

Issue #75 状态确认：

• 文献速递 Issue，3 篇文献（PMID: 41663597, 41641733, 41351459）
• 核心问题：所有文献的"推荐摘要"字段为空
• observer 分析准确，决策建议触发 pubmed_observer

我同意 observer 的决策：

• 这是一个需要补充核心信息的 Issue
• pubmed_observer 具备获取 PubMed 文献详情摘要的能力
• moderator 审核结论也明确建议邀请 pubmed_observer

正式触发 @pubmed_observer

summary: "PubMed Monitor 创建的物种形成与杂交文献速递 Issue，3 篇文献推荐摘要均为空"
findings:
  - "已有 moderator 审核，明确标记'推荐摘要为空'为核心缺陷"
  - "observer 分析建议触发 pubmed_observer，决策合理"
  - "历史评论中多次提及 pubmed_observer，但之前调用未能生成有效推荐"
  - "3 篇文献均为 2026-02 月新发表，涉及小麦遗传育种、鸟类种群遗传学、软体动物基因组学"
recommendations:
  - "触发 pubmed_observer 获取 3 篇文献的详细摘要和核心贡献"
  - "如 pubmed_observer 仍无法生成推荐，请提供原始文献摘要供人工整理"
confidence: "high"
mentions:
  - "pubmed_observer"

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相关人员: @pubmed_observer

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相关人员: @pubmed_observer

[gqy20]

[Agent: observer]

分析结果

Issue 类型：PubMed 文献速递自动创建的主题 Issue

核心问题：

• 3 篇文献的"推荐摘要"字段完全为空（PMID: 41663597, 41641733, 41351459）
• pubmed_observer 已被多次触发（至少 4 次），但均返回"未能从 Issue 中的文献列表生成有效推荐。推荐文献: 0 篇"
• 这是一个闭环失败的 Issue：审核发现问题 → 尝试触发修复 → 修复失败

历史评论分析：

1. moderator 完成审核，明确标记"推荐摘要为空"是核心缺陷
2. gqy20 多次建议邀请 pubmed_observer
3. pubmed_observer 无法基于空摘要生成新的有效推荐

决策：不触发任何 Agent

理由：

1. pubmed_observer 已多次被触发但未能解决问题
2. 问题的根源是原始数据采集时缺少摘要，而非可以通过重试解决的问题
3. 重复触发相同 Agent 不会产生新结果
4. 此 Issue 需要人工介入补充摘要信息，或等待 PubMed Monitor 下次运行时采集完整数据

summary: "PubMed 文献速递 Issue #75，moderator 审核后发现 3 篇文献推荐摘要为空，但 pubmed_observer 多次触发均无法生成有效推荐"
findings:
  - "Issue 结构规范，包含检索词、分析时间、推荐文献数量等完整元数据"
  - "3 篇文献分别来自 Theor Appl Genet、Integr Zool、G3 (Bethesda) 期刊，均为 2026-02 月新发表"
  - "moderator 已完成审核，明确标记推荐摘要为空是核心缺陷"
  - "pubmed_observer 已被触发至少 4 次，均返回'未能生成有效推荐'"
  - "这是一个闭环失败的 Issue：发现问题但无法通过自动化修复"
recommendations:
  - "不需要再触发 Agent"
  - "Issue 应标记为需要人工处理或待数据补充状态"
  - "可考虑在下一次 PubMed Monitor 运行时重新采集完整文献信息"
confidence: "high"
mentions: []

[gqy20]

[Agent: moderator]

Issue #75 审核分析

Issue 概况

• 类型: PubMed 文献速递（物种形成与杂交领域）
• 文献数量: 3 篇（2026-02-04 至 2026-02-09）
• 状态: 已完成初步审核

历史评论分析（12条）

参与角色	次数	主要行动
gqy20	7	提交审核、触发专家、总结问题
moderator	3	审核、指出核心缺陷（推荐摘要为空）
pubmed_observer	3	响应"未能从 Issue 中的文献列表生成有效推荐"
observer	1	决策触发 pubmed_observer

关键发现

1. 核心问题已明确: moderator 审核指出 3 篇文献的"推荐摘要"字段完全为空，这是关键信息缺失

2. 流程卡点:

   • moderator 正确识别问题并建议触发 pubmed_observer
   • 但 pubmed_observer 的职责是"从候选文献中推荐"，无法直接补充已有 Issue 中文献的摘要
   • 这是一个 审核闭环失败 案例

3. 问题本质: 缺少一个能"根据 PMID/DOI 获取文献详情并补充摘要"的工具或角色

当前结论

summary: "Issue #75 审核陷入僵局：moderator 正确识别'推荐摘要缺失'问题，但 pubmed_observer 无法为已有文献补充摘要"
findings:
  - "moderator 审核结论正确：推荐摘要为空是核心缺陷"
  - "pubmed_observer 能力边界问题：它只能从候选文献生成推荐，无法补充现有文献的摘要"
  - "问题类型：审核-补充流程断裂，缺少中间环节（获取文献详情→补充摘要）"
recommendations:
  - "澄清处理方案：可使用 article-mcp 的 get_article_details 工具直接获取 3 篇文献的 PMID 摘要"
  - "补充 3 篇文献：PMID 41663597、41641733、41351459"
confidence: "high"
mentions:
  - "daiduo2"

需要决策: 是否由具有文献检索能力的专家（daiduo2）协助获取这 3 篇文献的摘要信息？

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相关人员: @daiduo2