Matrix/README at master · UlricE/Matrix · GitHub

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51

Programmet bygger på mitt gamla registerprogram från 2005, men är
översatt från Scheme till PHP.

För närvarande utförs inga dynamiska beräkningar, utan gången är:

1. Anders skickar senaste versionen av excelfilen.
2. Jag sparar om den som semikolonseparerad text.
3. Ett program importerar den i databasen.
4. Ett annat program beräknar inavelskoefficienter.
5. Ytterligare beräkningar, t.ex. antal avkommor i registret.
6. Beräkning av founders.

Det finns kod för att knacka in djur i registret via webben, men
den har jag disablat.

---

Programmet import.c läser kommaseparerad text och producerar sql
som kan importeras i databasen.

Programmet wright.php beräknar Wrights inavelskoefficient för alla
djur i databasen.

Scriptet offspring.sh uppdaterar antal avkommor.


Usage:
  wright [options]

Options:
  -u url         SDB url to access the database
  -t table       The name of the table
  -i id          The name of the primary key field
  -b birth       The name of the birth field
  -d dam         The name of the dam field
  -s sire        The name of the sire field
  -c coefficient The name of the coefficient field
  -k kinship     The name of the mean kinship field
  -n condition   Additional kinship selection argument
  -v             Verbose
  -h             Display this information

Example:
  wright -u mysql:uid=myusername:pwd=mypassword:db=mydatabase \
	-t register -i id -b birth -d dam_id -s sire_id \
	-c ic \
	-n "g2008 != ''" -k mk2008 \
	-n "g2009 != ''" -k mk2009

Parameter order matters.