DeepReviewer 2.0

面向论文评审的类人深度思考流程。
PDF -> MinerU Markdown -> Review Agent Tool Loop -> Final Markdown -> Final PDF

功能特性

功能	说明
端到端评审	从 PDF 上传到最终 Markdown/PDF 报告，全流程异步执行。
工具驱动推理	Agent 通过 `pdf_read_lines`、`pdf_annotate`、`paper_search` 等工具生成可追踪结果。
用量统计	每个任务记录 token 用量、工具调用次数和 paper-search 统计。
出版风格导出	生成 `final_report.pdf`，包含品牌封面、用量摘要、原文附录和批注叠加。

工作流程

每个评审任务会落盘到：

data/jobs/<job_id>/

流程如下：

提交论文 PDF。
使用 MinerU v4 解析为 markdown 与布局元数据。
构建运行时上下文并启动 review agent。
Agent 迭代调用工具（pdf_read_lines、pdf_annotate、paper_search 等）。
通过 review_final_markdown_write 持久化最终 markdown。
导出最终 PDF（含原文附录与批注 callout 叠加）。

在线平台与 API

在线平台：https://deepscientist.cc
API 文档（需注册）：https://deepscientist.cc/docs/English/API/AI_Review_API_Workflow
视频演示：https://www.youtube.com/watch?v=mMg5XzcaDCw

技术报告

PDF：DeepReviewer-v2.pdf

快速开始

1) 安装

cd <repo_root>
python -m venv .venv
source .venv/bin/activate
pip install --upgrade pip
pip install -e .

2) 配置

cp .env.example .env

最小可用配置：

# LLM（OpenAI-compatible）
BASE_URL=http://127.0.0.1:8004/v1
AGENT_MODEL=gpt-5.2
OPENAI_USE_RESPONSES_API=false
OPENAI_AGENTS_DISABLE_TRACING=1
# OPENAI_API_KEY=...  # 网关要求鉴权时再填写

# MinerU
MINERU_API_TOKEN=your_mineru_token

# 推荐论文检索：DeepXiv 直连 API
PAPER_SEARCH_ENABLED=true
PAPER_SEARCH_PROVIDER=deepxiv
DEEPXIV_API_BASE_URL=https://data.rag.ac.cn
DEEPXIV_API_TOKEN=your_deepxiv_token
DEEPXIV_RETRIEVE_TOP_K=8
DEEPXIV_DEFAULT_SOURCE=arxiv

3) 提交并跟踪任务

python main.py submit --pdf /path/to/paper.pdf --wait-seconds 0
python main.py status --job-id <job_id>
python main.py watch --job-id <job_id> --interval 2 --timeout 1800

4) 获取结果

python main.py result --job-id <job_id> --format all
python main.py result --job-id <job_id> --format md
python main.py result --job-id <job_id> --format pdf

配置说明

DeepReviewer 2.0 支持通用 OpenAI-compatible 服务，以及两种论文检索适配： DeepXiv 直连 API（PAPER_SEARCH_PROVIDER=deepxiv，推荐）和本地 PASA （PAPER_SEARCH_PROVIDER=pasa，高级备用路径）。

完整 provider 配置说明见 docs/paper_search_providers.md。

LLM 配置

变量	说明	默认值
`BASE_URL`	首选 OpenAI-compatible base URL	-
`OPENAI_BASE_URL` / `LLM_BASE_URL`	base URL 别名	-
`OPENAI_API_KEY` / `API_KEY` / `LLM_API_KEY`	网关鉴权密钥	可选
`AGENT_MODEL`	评审模型	`gpt-5.2`
`OPENAI_USE_RESPONSES_API`	提供方支持时可启用 Responses API	`false`
`OPENAI_AGENTS_DISABLE_TRACING`	关闭本地网关 tracing 噪声	建议 `1`
`AGENT_RESUME_ATTEMPTS`	恢复尝试次数（硬上限）	`2`

Finalization Gates

变量	默认值	说明
`ENABLE_FINAL_GATES`	`false`	启用最终写入门槛
`MIN_PAPER_SEARCH_CALLS_FOR_PDF_ANNOTATE`	`3`	进入密集批注前最少检索次数
`MIN_PAPER_SEARCH_CALLS_FOR_FINAL`	`3`	允许最终写入前最少检索次数
`MIN_DISTINCT_PAPER_QUERIES_FOR_FINAL`	`3`	最少不同检索 query 数
`MIN_ANNOTATIONS_FOR_FINAL`	`10`	最少批注数量
`MIN_ENGLISH_WORDS_FOR_FINAL`	`0`	最少英文词数（`0` 表示关闭）
`FORCE_ENGLISH_OUTPUT`	`true`	强制英文输出

MinerU 与检索服务

变量组	说明
`MINERU_BASE_URL`, `MINERU_API_TOKEN`, `MINERU_MODEL_VERSION`	MinerU 解析配置
`PAPER_SEARCH_PROVIDER`	`deepxiv` 表示直连 DeepXiv，`pasa` 表示连接本地 PASA 服务
`DEEPXIV_*`	推荐的 DeepXiv 直连检索配置
`PAPER_SEARCH_*`	`PAPER_SEARCH_PROVIDER=pasa` 时使用的 PASA 兼容检索配置
`PAPER_READ_*`	可选论文阅读服务；不配置时使用 arXiv 元数据/摘要级 fallback

推荐路径是 DeepXiv 直连：

PAPER_SEARCH_ENABLED=true
PAPER_SEARCH_PROVIDER=deepxiv
DEEPXIV_API_BASE_URL=https://data.rag.ac.cn
DEEPXIV_API_TOKEN=your_deepxiv_token
DEEPXIV_RETRIEVE_TOP_K=8
DEEPXIV_DEFAULT_SOURCE=arxiv

备用路径是本地 PASA：

PAPER_SEARCH_ENABLED=true
PAPER_SEARCH_PROVIDER=pasa
PAPER_SEARCH_BASE_URL=http://127.0.0.1:8001
PAPER_SEARCH_ENDPOINT=/pasa/search
PAPER_SEARCH_HEALTH_ENDPOINT=/health

如果 PAPER_SEARCH_ENABLED=false，所选 provider 缺少必要配置（例如 DeepXiv 模式缺少 DEEPXIV_API_TOKEN），或 provider 健康检查失败，paper_search 会返回 status=not_started，任务会以 retrieval-disabled mode 继续，而不是反复重试外部检索。

CLI 用法

命令	作用
`python main.py submit --pdf /path/to/paper.pdf`	提交新任务
`python main.py status --job-id <job_id>`	获取一次状态快照
`python main.py watch --job-id <job_id> --interval 2 --timeout 1800`	轮询直到完成/超时
`python main.py result --job-id <job_id> --format all`	拉取 markdown 与 pdf 结果

输出产物

data/jobs/<job_id>/final_report.md
data/jobs/<job_id>/final_report.pdf
data/jobs/<job_id>/events.jsonl

final_report.pdf 包含：

最终 markdown 报告正文
token 用量摘要（input/output/total/requests）
原文 PDF 附录页面
自动批注叠加（当 MinerU 行级 bbox 可用时）

外部服务

MinerU（严格模式下必需）

注册：https://mineru.net/
在控制台生成 API Token
在 .env 设置 MINERU_API_TOKEN

DeepXiv（推荐）

DeepXiv 是最简单的生产路径，因为不需要在本地启动 PASA 模型服务。

注册并获取 DeepXiv API token。
设置 PAPER_SEARCH_PROVIDER=deepxiv。
在 .env 中填写 DEEPXIV_API_TOKEN。
默认保持 DEEPXIV_API_BASE_URL=https://data.rag.ac.cn，除非你的部署使用了其他 endpoint。

DeepReviewer 会调用：

GET /stats/usage 做启动健康检查。
GET /arxiv/?type=retrieve&query=...&top_k=...&source=... 执行 paper_search。

paper_search 的输出格式与 PASA 兼容模式保持一致，因此 review prompt、gate 和报告逻辑不需要区分两种 provider。

PASA（高级备用路径）

本地文档：pasa/README.md
中文文档：pasa/README.zh-CN.md
官方仓库：https://github.com/bytedance/pasa
Serper token（PASA Google 工作流通常需要）：https://serper.dev/
如果未配置 PASA/外部检索服务，则该轮任务默认不会启动 search 功能，因此无法自动进行新颖性对比。

配置：

PAPER_SEARCH_ENABLED=true
PAPER_SEARCH_PROVIDER=pasa
PAPER_SEARCH_BASE_URL=http://127.0.0.1:8001
PAPER_SEARCH_ENDPOINT=/pasa/search
PAPER_SEARCH_HEALTH_ENDPOINT=/health

建议暴露兼容端点：

POST /pasa/search（默认）
POST /search（可选兼容路径）

故障排查

RuntimeError: Agent finished without successful review_final_markdown_write
- 模型在完成最终写入前结束。
- 可检查 events.jsonl 的阶段推进和工具调用。
MinerU 超时/失败
- 检查 token 与端点连通性。
DeepXiv 检索未启动
- 检查 PAPER_SEARCH_PROVIDER=deepxiv。
- 检查 DEEPXIV_API_TOKEN 已填写。
- 检查 DEEPXIV_API_BASE_URL 能访问 /stats/usage。
PASA 超时/失败
- 检查服务状态与端点路径（/pasa/search vs /search）。

引用

如果你在研究中使用了 DeepReview，请引用：

@inproceedings{zhu-etal-2025-deepreview,
    title = "{D}eep{R}eview: Improving {LLM}-based Paper Review with Human-like Deep Thinking Process",
    author = "Zhu, Minjun  and
      Weng, Yixuan  and
      Yang, Linyi  and
      Zhang, Yue",
    editor = "Che, Wanxiang  and
      Nabende, Joyce  and
      Shutova, Ekaterina  and
      Pilehvar, Mohammad Taher",
    booktitle = "Proceedings of the 63rd Annual Meeting of the Association for Computational Linguistics (Volume 1: Long Papers)",
    month = jul,
    year = "2025",
    address = "Vienna, Austria",
    publisher = "Association for Computational Linguistics",
    url = "https://aclanthology.org/2025.acl-long.1420/",
    doi = "10.18653/v1/2025.acl-long.1420",
    pages = "29330--29355",
    ISBN = "979-8-89176-251-0"
}

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MIT License，详见 LICENSE。
第三方组件说明见 THIRD_PARTY_NOTICES.md。

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