ChimeraBenchmark

本仓库用于运行与汇总 Chimera 的基准测试（build / classify / profile）。

• 所有结果统一写入 results/（默认不提交原始输出与日志，仅提交聚合后的 README）。
• 实验与数据集配置在 configs/ 下。
• 旧版脚本与文档已移动到 legacy 分支（见 legacy branch）。

实验公平性与默认参数策略

为保证论文实验公平性，本项目遵循以下原则：

• 统一使用相同线程数运行所有软件（默认 32，除非另行说明）。
• 除非软件将 classify 与 profile 完全分离（必须额外生成 profile 输出），否则尽量使用软件默认参数。
• 仅为记录评估结果而增加输出开关（例如 per-read 输出），不改变算法行为与默认推断逻辑。

Ganon（ganon2）当前 benchmark 的默认跑法

保持 ganon 的默认推断逻辑（含默认 EM 多重命中处理），仅增加输出以便评估：

• classify 仅追加 --output-one、--output-unclassified、--skip-report（不改变算法结果）。
• 不显式设置 --multiple-matches / --rel-cutoff / --rel-filter / --fpr-query，全部使用默认值。
• profile 由 ganon report 从 .rep 生成 .tre（reads 与 abundance 两类）。

如需变更该策略，必须在 README 中明确记录，并注明原因。